Η δεύτερη ταινία των Pokemon ακολουθεί σεναριακά τον δεύτερο κύκλο επεισοδίων της σειράς. Ενώ ο Ας περιπλανιέται στα πορτοκαλόχρωμα νησιά μπλέκεται σε μια ακόμα περιπέτεια. Ένας μανιακός συλλέκτης θέλει να κάνει κομμάτια της συλλογής του τα τρία μυθικά πουλιά Moldress, Zapdos και Artikuno καθώς επίσης και το Lugia. Ο συλλέκτης έχοντας αποκωδικοποιήσει ένα θρύλο που βρήκε σε μια πέτρινη στήλη πάει με το ιπτάμενο φρούριο του στο νησί του κεραυνού της φωτιάς και του πάγου όπου σύμφωνα με τον θρύλο βρίσκονται τα μυθικά πουλιά. Ο συλλέκτης διαταράζει την ισορροπία μεταξύ των στοιχείων που αντιπροσωπεύουν τα πουλιά, πιάνοντας τα. Ο Ας καταφέρνει να ελευθερώσει το Moldress και το Zapdos που είχαν πιαστεί από τον συλλέκτη και τον αποτρέπει να πιάσει και το Articuno επίσης. Τα πουλιά είναι ελευθέρα αλλά η ισορροπία έχει ήδη διαταραχτεί. Τα μυθικά πουλιά μάχονται για να υπερισχύσουν. Αυτή η μάχη προκαλεί ανεξήγητα καιρικά φαινόμενα σε όλον το κόσμο. Τότε εμφανίζεται το Lugia για να επαναφέρει την ισορροπία και με την βοήθεια του εκλεκτού (Ας) τα καταφέρνει....